Durée
20h Th, 15h Pr
Nombre de crédits
| Master en bioinformatique et modélisation, à finalité approfondie | 3 crédits |
Enseignant
Coordinateur(s)
Langue(s) de l'unité d'enseignement
Langue anglaise
Organisation et évaluation
Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier
Horaire
Unités d'enseignement prérequises et corequises
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement
Objectifs et programme :
1) les outils nécessaires pour la visualisation et l'analyse des macromolécules biologiques,
2) un aperçu des méthodes de modélisation des protéines : modélisation par homologie, modélisation ab initio, protéines et ligands, méthodes de docking, etc...
Le cours abordera
- un rappel sur la structure des Protéines (si besoin est...),
- une introduction à la Protein Data Bank et description d'un fichier PDB,
- une introduction au programme de visualisation Pymol et des TPs sur son utilisation,
- l'utlisation de logiciels d'analyse des structures 3D (logiciels deepview, PDBePISA)
- la modélisation par homologie - Introduction au programme Yasara et TP sur son utilisation
- les interactions Protéine- Ligands - Introduction au logiciel AUTODOCK
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement
Savoirs et compétences prérequis
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement
L'utilisation des différents logiciels abordés nécessitent l'utilisation d'un ordinateur portable.
Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)
Présentiel
Supports de cours, lectures obligatoires ou recommandées
Copie des diaporamas power-point projetés. Références pour livres et logiciels utilisés.
Modalités d'évaluation et critères
L'examen consistera en la réalisation d'un travail et d'un rapport basé sur l'étude d'un cas pratique dont l'intitulé sera donné au préalable.
Stage(s)
Remarques organisationnelles et modifications principales apportées au cours
20 cours de 2h.
Contacts
Dr Frédéric Kerff- Tél. 04/366.36.20 - E-mail : fkerff@uliege.be