Functional and Molecular Marine Microbiology, Molecular approaches to the diversity of marine microorganisms

Durée

25h Th, 25h Pr

Nombre de crédits

Enseignant

Annick Wilmotte

Langue(s) de l'unité d'enseignement

Langue anglaise

Organisation et évaluation

Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier

Horaire

Horaire en ligne

Unités d'enseignement prérequises et corequises

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme

Contenus de l'unité d'enseignement

Depuis une trentaine d'années, il est apparu que l'étude de la diversité des microorganismes marins ne peut se faire sans une approche moléculaire, étant donné que seule une fraction d'entre eux peut être isolée en culture. De plus, pour les microorganismes observables en microscopie, la diversité génétique est plus grande que celle déterminée sur base des caractères phénotypiques (morphologie...). La détermination de la diversité au niveau génétique permet aussi de comprendre des caractéristiques écologiques (distribution géographique, endémisme, etc.). Récemment, l'apport du séquençage des génomes complets a apporté des informations sur tous les processus évolutifs et les réseaux métaboliques présents chez les microorganismes.

Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement

Donner aux étudiants les connaissances leur permettant, d'une part de comprendre et lire de manière critique la littérature concernant la diversité des microorganismes marins, et d'autre part, d'utiliser les techniques moléculaires pour résoudre les problèmes de diversité et d'écologie moléculaire sur lesquels ils travaillent (mémoire, doctorat, etc).

Savoirs et compétences prérequis

Avoir une base de connaissances concernant le matériel génétique, ADN, ARN, protéines. Si ce prérequis est absent, un cours peut être consacré à une mise à niveau.

Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement

Travaux pratiques sur un problème de caractérisation de la diversité moléculaire de microorganismes marins (souvent des souches de cyanobactéries de la collection BCCM/ULC). Les étapes sont l'extraction d'ADN, la PCR d'un segment de l'opéron rRNA et les analyses bioinformatiques des séquences

Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)

Cours donné exclusivement en présentiel


Explications complémentaires:

Cours donné exclusivement en présentiel


Explications complémentaires:

Enseignement présentiel, au 1er quadrisemestre



1) Définitions et pourquoi ?
2) La systématique, la notion d'espèce bactérienne et les marqueurs moléculaires de diversité
3) Comment est générée la diversité génétique à la base de l'évolution?
4) Les analyses phylogénétiques et la contruction d'arbres phylogénétiques
5) L'écologie microbienne moléculaire
6) Travaux pratiques avec extraction d'ADN génomique de souches, PCR, électrophorèse, séquençage, analyse des séquences obtenues durant les TP

7) Approches génomiques (cours Dr Luc Cornet)

 - Rappel des notions de base sur la diversité génomique et l'apport des génomes pour la  taxonomie et l'évolution (avec exemple des cyanobactéries)

- La phylogénomique

- Comment étudier le métabolisme avec la bioinformatique?
- Reproductibilité en bioinformatique
- Un exemple concret

Supports de cours, lectures obligatoires ou recommandées

Il s'agit d'une copie des transparents montrés

Modalités d'évaluation et critères

Examen(s) en session

Toutes sessions confondues

- En présentiel

évaluation orale


Informations complémentaires:

A) 3 Questions tirées au sort, préparation des réponses pendant 20 mins et présentation orale

B) 10 mins de présentation orale et 10 mins de questions sur un article de recherche sélectionné par l'étudiant(e) avec l'accord du professeur
 

Stage(s)

Remarques organisationnelles et modifications principales apportées au cours

Contacts

A. Wilmotte, InBios-Molecular Diversity and Ecology of cyanobacteria, Botany B22,
Tél. : 04/366.33.87/38.56,
e-mail : awilmotte@uliege.be

Association d'un ou plusieurs MOOCs

Notes en ligne