Microbiologie générale

Partie théorique

Description de l'unité d'enseignement :

Cette unité d'enseignement explore l'univers invisible des microbes, en mettant en lumière leurs rôles cruciaux dans notre vie quotidienne et dans divers écosystèmes. L'accent est mis sur le fait que la majorité des microbes sont bénéfiques, jouant un rôle protecteur dans notre biosphère, tandis qu'une minorité est responsable de maladies. Les microorganismes sont omniprésents et évoluent dans des environnements variés et complexes. Les étudiants apprendront à comprendre les caractéristiques spécifiques des microbes, ainsi que leurs interactions avec l'environnement et l'homme. La plasticité génomique des microorganismes, qui permet des échanges horizontaux entre espèces, sera également étudiée, tout comme l'impact de ces échanges sur l'évolution des microbes, notamment dans le contexte des maladies émergentes et de la résistance aux antimicrobiens. Une attention particulière sera accordée aux différentes approches de contrôle et de prévention des maladies infectieuses, y compris l'hygiène, l'utilisation d'agents antimicrobiens, et l'immunoprophylaxie. Enfin, les étudiants exploreront les caractéristiques des levures, champignons, protozoaires et helminthes, avec une introduction aux pratiques de biosécurité et aux techniques de base en microbiologie.



Table des matières :

- Introduction
- Historique
- Les bactéries (Parties 1 et 2)
- Les champignons
- Les parasites
- Concept des maladies infectieuses
- Contrôle des maladies infectieuses

Travaux pratiques pour les sciences biomédicales

Chers étudiants,
ne vous êtes-vous jamais demandé à quoi pouvait  ressembler  le laboratoire de Microbiologie? De quelles façons les échantillons étaient traités pour obtenir une identification et un antibiogramme sur les agents pathogènes recherchés ? Quels étaient les différents secteurs d'activité représentés dans le laboratoire? Afin de rendre plus concrètes vos connaissances en microbiologie,  les travaux pratiques introduisent les notions de biosécurité, les règles incontournables de l'hygiène comme le lavage des mains et les techniques de base utilisées en microbiologie pour le diagnostic des maladies infectieuses.
  

Partie théorique

Au terme de ce cours et des travaux pratiques, les étudiants seront capables:

• d'identifier les principaux enjeux des microorganismes sur notre planète (environnement, pathologie infectieuse par ex.)
• de décrire l'importance mondiale de la mortalité et de l'évolution des maladies infectieuses
• de présenter quelques étapes clés dans l'histoire de la microbiologie
• de décrire les différents types de microorganismes et leurs caractéristiques
• de résumer les caractéristiques de croissance des bactéries et de l'importance des biofilms
• de décrire le matériel génétique des bactéries, les grands principes de modification de celui-ci et de nouvelles acquisitions
• de décrire les principaux aspects bénéfiques des microbes
• de comprendre et d'expliquer les relations hôte-microorganismes pouvant conduire à la maladie
• de lister et de décrire brièvement les principaux facteurs de pathogénicité
• d'expliquer les différents modes de transmission des agents infectieux
• de comprendre et de résumer des moyens de défenses et de prévention disponibles contre l'agression par des microorganismes. Sécurité de la chaine alimentaire / eau potable / vaccination / stérilisation-désinfection / antibiotiques
• de restituer et de décrire brièvement les modes d'action des antibiotiques et mécanismes de résistance
• de décrire des méthodes et moyens de détection et d'identification des microorganismes utilisées dans les laboratoires.
• dans la poursuite de son cursus d'intégrer des notions abordées plus spécifiques concernant les maladies infectieuses, leur diagnostic, leur pathogenèse, leurs contrôle et prévention

Travaux pratiques pour les sciences biomédicales

Au terme des travaux pratiques les étudiants seront capables :

• d'appliquer les notions de base acquises en biosécurité
• d'avoir une hygiène des mains efficaces
• d'ensemencer un prélèvement sur des milieux gélosés, et de connaitre les caractéristiques de ces milieux de culture
• d'observer et de commenter la morphologie des colonies bactériennes et des bactéries après examen microscopique de Gram
• de décrire des méthodes et moyens de détection et d'identification des microorganismes utilisés dans les laboratoires (bactéries, levures et champignons filamenteux)

Partie théorique

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme.
 

Travaux pratiques pour les sciences biomédicales

Les notions théoriques vues au cours de Microbiologie générale.

Partie théorique

Ce cours sera dispensé en présentiel ainsi que par podcast.

Il est structuré en plusieurs chapitres ordonnés pour assurer une compréhension progressive et logique des contenus.

Les étudiants sont invités à poser leurs questions après les séances de cours ou par email en mentionnant leur section.

Pour illustrer et développer certaines matières enseignées, des travaux pratiques sont organisés. La présence au laboratoire est OBLIGATOIRE. 

Cet enseignement et travaux pratiques s'adressant à de futurs professionnels de la santé, les exercices et démonstrations se rapportent  à la microbiologie clinique et introduisent ainsi la notion des missions d'un laboratoire de microbiologie dans le diagnostic et le contrôle des agents infectieux. 

Lors des séances de travaux pratiques, les activités réalisées familiarisent aussi l'étudiant avec les considérations de base de la biosécurité, avec les règles incontournables de l'hygiène comme le lavage des mains et, avec les techniques de base utilisées en microbiologie. 

 

Travaux pratiques pour les sciences biomédicales

En présentiel

Les travaux pratiques de Microbiologie générale sont composés de 2 séances de 2 heures en présentiel, précédées d'un apprentissage en ligne aboutissant à l'octroi d'un laisser-passer aux séances en présentiel. Sur e-Campus, le cours préparatoire aux séances de TP, sous forme d'e-learning, doit être suivi par l'étudiant préalablement aux séances pratiques. Celui-ci est composé de 5 modules comprenant des présentations iSpring, reprenant la matière théorique à maitriser pour les séances de TP, complétées par des vidéos de démonstration.

• Module 1 : Consignes de sécurité pour le travail en laboratoire L2
• Module 2 : Les bactéries
• Module 3 : L'identification des bactéries
• Module 4 : Les levures et les champignons filamenteux
• Modules 5 : Hygiène des mains et de la toux

Partie théorique

Combinaison d'activités d'apprentissage en présentiel et en distanciel


Informations complémentaires:

Cours ex-cathedra présentiel ou retransmis, ou en podcast commenté ou tout autre moyen video et travaux pratiques


Les travaux pratiques sont organisés par groupes d'étudiants et sont encadrés par Khalid El Moussaoui.

Les diaporama des cours théoriques et le manuel des travaux pratiques sont en ligne et accessibles via eCampus.

 
Travaux pratiques

Sont obligatoires. Ils sont composés de deux séances EN PRESENTIEL.

 

 

 

Travaux pratiques pour les sciences biomédicales

Cours donné exclusivement en présentiel


Informations complémentaires:

• Avant d'accéder aux séances de travaux pratiques en présentiel, l'étudiant doit avoir suivi les modules e-learning sur e-Campus.
• Les travaux pratiques sont organisés par groupes d'étudiants et sont encadrés par les élèves-moniteurs, eux-mêmes supervisés par Khalid El Moussaoui, scientifique en  microbiologie clinique.
• Pour le respect de règles de biosécurité, le port d'une blouse de laboratoire est exigé; pour la manipulation de matériel biologique des gants à jeter seront mis à disposition.
• La présence aux travaux pratiques est OBLIGATOIRE. Toute absence devra être justifiée par un certificat médical en bonne et due forme, transmis à Monsieur Khalid El Moussaoui (Khalid El Moussaoui).
  
   

Partie théorique

Les diaporama des cours théoriques ainsi que les notes de travaux pratiques, publiés en ligne et accessibles aux étudiants des sections et année concernées par le cours sont obligatoires.

L'accès à l'eLearning, 5 modules, à suivre obligatoirement avant de pouvoir accéder aux travaux pratiques, se fait via eCampus.

Les livres suivants sont des références qui peuvent aider les étudiants : apport d'une meilleure compréhension, développement d'un sujet d'intéret:

• MEDICAL MICROBIOLOGY, Mims C. et al, 6th Ed.,2018, Elsevier
• INTRODUCION A LA MICROBIOLOGIE, Tortora G.J. et al, 2nd Ed., 2012, ERPI, Editions du Renouveau Pédagogique Inc.
• BROCK BIOLOGY OF MICROORGANISMS, MT Madigan et al, 14th Ed, 2014,Pearson
• THE MICROBIAL CHALLENGE, Krasner R., 2002, Ed. ASM PRESS
• MICROBIOLOGIE, Prescott, Willey JM et al, Traduction de la 5ème Ed,2018, Ed.De Boeck Université

Travaux pratiques pour les sciences biomédicales

• L' e-learning, 5 modules, sur eCampus.
• Le manuel de travaux pratiques, publié en ligne et accessible aux étudiants des sections et année concernées par le cours doit être lu obligatoirement avant les sénces de TP et chaque étudiant doit avoir ses notes de TP lors des séances.

Partie théorique

Examen(s) en session

Toutes sessions confondues

- En présentiel

évaluation écrite ( QCM )

Travail à rendre - rapport


Informations complémentaires:

L'examen comportera 50 QCM au total, réparties comme suit (2h d'examen) :

40 questions de théorie (80% de la cote)

10 questions de TP (qui représenteront 10% de la côte)

Le rapport de TP sera corrigé et coté (1 rapport par groupe de 3-4 étudiants).

La répartition des points sera la suivante :

Examen théorique = 80% de la cote finale

Examen de TP = 10% de la cote finale

Rapport de TP = 10% de la cote finale

Les groupes de TP sont formés par les étudiants à la première séance de TP. Un document type sera complété par l'encadrant pour garder une traçabilité des groupes. Ces groupes sont fixes. Aucun changement de groupe ne sera toléré.

Concernant les absences non-justifiées pour les étudiants en médecine / SBIM / dentiste, une absence non-justifiée à une seule séance de TP = zéro à la cote du rapport de TP. L'étudiant peut néanmoins passer son examen de théorie et TP, mais il part avec une pénalité de 10% de la cote finale.

Pour ce qui est des absences justifiées (par certificat médical), l'étudiant est excusé mais il ne sera pas pénalisé, en ce sens que l'examen de TP qui vaut, en temps normal, 10% de la cote finale, vaudra 20% pour faire en sorte que l'examen théorique + examen de TP = 100% de la cote finale.

Un rapport non-rendu équivaut à une absence injustifiée en termes de pénalité.

Les étudiants du même groupe auront la même cote de rapport.

Les reports de notes pour les TP se font au sein d'une même année académique. Aucun report de note d'une année à l'autre ne sera toléré.

Travaux pratiques pour les sciences biomédicales

Examen(s) en session

Toutes sessions confondues

- En présentiel

évaluation écrite ( QCM )


Informations complémentaires:

voir cours MICR0120 théorique
 

Partie théorique

Voir code composant Travaux pratiques du cours MICR0120

Travaux pratiques pour les sciences biomédicales

Possibilités de postes d'élève-moniteur pour des étudiants motivés de master.
Leur charge est l'encadrement des étudiants aux travaux pratiques de microbiologie générale et de microbiologie médicale (horaire à définir).
Conditions :

• avoir fait de bons examens en microbiologie générale et médicale (théorie et pratique);
• avoir de bons résultats globaux (grades);
• lettre de motivation demandée.

Partie théorique

 Rien de particulier pour le cours théorique.

Travaux pratiques pour les sciences biomédicales

• La coordination est assurée par Monsieur Khalid El Moussaoui du service de microbiologie clinique du CHU de Liège.
• La participation aux travaux pratiques est OBLIGATOIRE.
• L'accès aux travaux pratiques est interdit aux étudiants ne portant pas de blouse de laboratoire.
• Les changements de groupes ne seront pas autorisés.

Partie théorique

Service de Microbiologie clinique
CHU de Liège,
B-23 Sart Tilman,
4000 LIEGE
Belgique

Secrétariat
Pour tout contact ou rendez-vous, s'adresser à la secrétaire Madame Stéphanie Wauquier:

• Tél.: 00.32.4.323.22.90
• Fax: 00.32.4.323.22.99
• email: stephanie.wauquier@chuliege.be

Travaux pratiques pour les sciences biomédicales

Responsable des travaux pratiques

Khalid El Moussaoui



Responsables académiques des cours associés 



Marie-Pierre Hayette

Secrétariat

Pour tout contact ou rendez-vous, s'adresser à la secrétaire Madame Stéphanie Wauquier

Tél.: 00.32.4.323.22.90


Email: micromed@uliege.be