Durée
10h Th, 40h TD
Nombre de crédits
| Master en bioinformatique et modélisation, à finalité approfondie | 6 crédits |
Enseignant
Langue(s) de l'unité d'enseignement
Langue anglaise
Organisation et évaluation
Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier
Horaire
Unités d'enseignement prérequises et corequises
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement
[MISE-A-JOUR EN 2024] Ce cours enseigne la programmation dans le contexte des applications bioinformatiques, en utilisant le langage Modern Perl comme support.
Table des matières
- Variables (Scalars, Arrays, Hashes)
- Opérateurs, Expressions booléennes, Contrôle de flux
- Entrées/Sorties
- Expressions régulières
- One-liners
- Fonctions
- Références et structures de données enchâssées
- Modules et Tests unitaires
- Best of CPAN
- Perl idiomatique - TIMTOWTDI
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement
Ce cours est le principal cours de progammation du Master BIM. Il a pour objectif d'enseigner les bases de la programmation, à la fois théoriques et pratiques, en utilisant exclusivement des exemples et problèmes tirés de la biologie moléculaire et de la bioinformatique.
Avec d'autres cours de ce cursus, cet enseignement vise à ce que les étudiants soient capables d'utiliser l'ordinateur comme un instrument scientifique. Plus spécifiquement, à l'issue de leur programme, ils auront été formés aux objectifs suivants :
1. Design expérimental
- comment choisir les contrôles adéquats
- comment raisonner dans un cadre statistique
- comment lancer de grandes séries d'analyses
- comment exploiter la puissance des grilles de calcul
- comment automatiser l'analyse des fichiers de sortie
- comment générer des graphes informatifs mais jolis
- comment tirer des conclusions statistiquement fondées
- comment documenter les protocoles expérimentaux
- comment réorganiser une série d'analyses a posteriori
- comment gérer les multiples versions des jeux de données, des programmes utilisés et des résultats générés
Savoirs et compétences prérequis
Ce cours ne suppose aucune connaissance particulière en programmation, mais il s'appuie néanmoins sur la boîte à outils "Techniques d'analyse des acides nucléiques" [BIOC0726-1] et sur le cours "Command-line interfaces and tools for biologists" [INFO0960-1] du Master BBMC et du Master BIM.
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement
- mini-exposés théoriques
- défis à résoudre
- travaux pratiques sur ordinateur
- autoformation (manuels et tutoriels en ligne)
Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)
Cours donné exclusivement en présentiel
Informations complémentaires:
Ce cours est essentiellement en présentiel, mais son approche par problèmes nécessitera du travail en dehors de la salle de classe.
Supports de cours, lectures obligatoires ou recommandées
Les syllabus au format papier seront distribués au cours. Des ouvrages de référence conseillés y seront mentionnés.
Modalités d'évaluation et critères
Examen(s) en session
Toutes sessions confondues
- En présentiel
évaluation orale
Evaluation continue
Autre : Codage d'une solution à un problème bioinformatique (le jour de l'examen).
Informations complémentaires:
L'évaluation du cours se basera à la fois sur le travail réalisé pendant l'année académique (évaluation continue : 40%) et sur une épreuve à livre ouvert où un problème intégratif devra être résolu à l'aide de commandes shell et d'un programme Perl (examen : 60%). La note globale se décomposera comme suit :
- continue : participation en classe : 20%
- continue : devoirs à rendre : 20%
- examen : codage de la solution : 30%
- examen : défense orale du codage de la solution : 30%
Stage(s)
Remarques organisationnelles et modifications principales apportées au cours
ATTENTION : Chaque étudiant de M-BIM doit se munir d'un ordinateur portable sur lequel il doit être possible d'installer un système Linux (type Ubuntu LTS). Les machines virtuelles interactives dans VirtualBox ne sont pas une solution fiable, mais WSL2 sur un Windows récent est envisageable, de même qu'un dual-boot avec Windows.
https://canonical-ubuntu-wsl.readthedocs-hosted.com/en/latest/guides/install-ubuntu-wsl2/
Il est aussi possible d'utiliser un Apple Mac récent.
Contacts
Prof. Denis Baurain
Institut de Botanique B22 (P70)
denis.baurain@uliege.be
Mme Rosa Gago
rgago@uliege.be