Durée
10h Th, 10h Pr
Nombre de crédits
| Master en bioinformatique et modélisation, à finalité approfondie | 2 crédits |
Enseignant
Langue(s) de l'unité d'enseignement
Langue anglaise
Organisation et évaluation
Enseignement au deuxième quadrimestre
Horaire
Unités d'enseignement prérequises et corequises
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement
Ce cours enseigne la prise en main du système d'exploitation Linux et l'interface en ligne de commande (Shell), dans le contexte des applications bioinformatiques.
1. Linux
- Linux (installation, configuration et personnalisation, découverte de la GUI)
- Ligne de commande (terminal, shell)
- Shell interactif : commandes de diagnostic, de navigation, de recherche de fichiers, de manipulation de fichiers, de lecture/écriture de fichiers, de manipulation de chaînes de caractères et de gestion des permissions
- Shell avancé : gestion de processus, variables, boucles, one-liners, scripts
- Tenue d'un cahier de laboratoire bioinformatique
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement
Au terme de cette unité d'enseignement, l'étudiant sera capable de contrôler un ordinateur local ou distant équipé d'un système d'exploitation de type UNIX. Il sera capable d'administrer des comptes utilisateurs, de gérer le système de fichiers et d'utiliser la ligne de commande pour réaliser des traitements de données élémentaires. Il sera capable d'utiliser le shell pour organiser des workflows plus complexes d'analyse de données biologiques pouvant mettre en oeuvre d'autres programmes conçus dans différents langages informatiques.
Savoirs et compétences prérequis
Ce cours ne suppose aucune connaissance particulière en informatique.
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement
- mini-exposés théoriques
- défis à résoudre
- travaux pratiques sur ordinateur
- autoformation (manuels et tutoriels en ligne)
Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)
Ce cours est essentiellement en présentiel, mais son approche par problèmes nécessitera du travail en dehors de la salle de classe.
Supports de cours, lectures obligatoires ou recommandées
Les notes de cours sont disponibles en ligne: https://ptocquin.gitlabpages.uliege.be/info0960/
Modalités d'évaluation et critères
Examen(s) en session
Toutes sessions confondues
- En présentiel
évaluation écrite ET évaluation orale
Stage(s)
Remarques organisationnelles et modifications principales apportées au cours
ATTENTION : Chaque étudiant de M-BIM doit se munir d'un ordinateur portable sur lequel il doit être possible d'installer un système Linux (type Ubuntu 20.04). Les machines virtuelles dans VirtualBox ne sont pas une solution fiable. Par contre, un dual-boot avec Windows est possible. L'installation de Linux fera l'objet du premier cours pour lequel chaque étudiant se munira d'une clé USB de minimum 4GB pouvant être complètement effacée.
Contacts
Dr. Pierre Tocquin
Institut de Botanique B22 (P70)
ptocquin@uliege.be
04/366 38 32