Durée
5h Th, 20h TD
Nombre de crédits
| Master en bioinformatique et modélisation, à finalité approfondie | 3 crédits |
Enseignant
Coordinateur(s)
Langue(s) de l'unité d'enseignement
Langue anglaise
Organisation et évaluation
Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier
Horaire
Unités d'enseignement prérequises et corequises
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement
Le cours consistera en une découverte de l'utilisation d'outils informatiques et statistiques adaptés pour l'analyse de sets de données biologiques.
Diverses notions seront revues par le biais d'exercices, depuis des notions générales (vecteurs et matrices, p-valeurs) jusqu'à la mise en œuvre de solutions complètes d'analyse exigées par des problèmes particuliers.
Concrètement, le cours sera axé sur l'usage du langage R.
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement
Réflexes et autonomie pratique nécessaires pour pouvoir aborder le traitement et l'analyse de sets de données biologiques complexes avec le logiciel R, depuis la compilation de données à partir de différentes sources jusqu'à la synthèse de résultats statistiques et leur visualisation. Capacité à planifier les différentes étapes d'un processus d'analyse de données.
Savoirs et compétences prérequis
Les étudiants sont invités à revoir les bases qu'ils auraient déjà acquises dans les domaines suivants : statistique et programmation.
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement
Mini-exposés théoriques, démonstrations et exercices pas à pas, travaux pratiques sur ordinateur avec défis à résoudre et exercices autonome.
Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)
Combinaison d'activités d'apprentissage en présentiel et en distanciel
Explications complémentaires:
Depuis la réforme de 2023-2024 du master BIM/BBMC, ce cours n'est plus qu'accessible à des répétants. Il est en pratique remplacé par le cours OCEA0224
Ce cours est entièrement donné sous forme de vidéo theorique et pratique
Ce cours peut-être suivi dans sa version française ou anglaise.
Supports de cours, lectures obligatoires ou recommandées
Les exercices et leur correction ainsi que les dapositives du cours (en pdf) sont mises en ligne à l'adresse web www.bioinfo.uliege.be/classes/OCEA0224/
Le mot de passe est disponible dans le forum ecampus du cours.
Modalités d'évaluation et critères
Examen(s) en session
Toutes sessions confondues
- En présentiel
évaluation écrite ( QCM, questions ouvertes )
Interrogation(s) hors session
Explications complémentaires:
L'évaluation de ce cours se fait sur un examen écrit sur ordinateur.
Des interros ecampus peuvent prendre place à la fin de certains cours (horaire spécifié sur la page web du cours). Les points obtenus aux interros éventuelles peuvent contribuer à la cote de première session.
Stage(s)
Remarques organisationnelles et modifications principales apportées au cours
L'emploi d'un ordinateur portable est nécessaire à toutes les séances pour le suivi de démonstrations et la réalisation d'exercices de programmation personnels.
Le logiciel RStudio est accessible via n'importe quel navigateur web.
Contacts
Prof. Patrick Meyer Institut de Botanique B22 (P70) www.bioinfo.uliege.be/meyer/