Modeling dynamical biological systems

Durée

15h Th, 15h TD

Nombre de crédits

Enseignant

Marilaure Grégoire, Patrick Meyer

Coordinateur(s)

Patrick Meyer

Langue(s) de l'unité d'enseignement

Langue anglaise

Organisation et évaluation

Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier

Horaire

Horaire en ligne

Unités d'enseignement prérequises et corequises

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme

Contenus de l'unité d'enseignement

Les modèles mathématiques sont essentiels pour comprendre comment les systèmes biologiques intéragissent . Ce cours est centré sur la modélisation dynamique de systèmes écologiques et génétiques. Ce cours est accessible à un public de biologistes. On parlera de la philosophie de modélisation, des concepts et outils de base d'analyse des systèmes. Ensuite les étudiants apprendront à formuler des equations, à utiliser les formalismes appropriés pour la modélisation dynamique (ex. état d'équilibre, interactions proie-predateur, compétition entre espèces,...) et jusqu'à  l'analyse des solutions dans le plan de phase.
Ce cours implique des exercices pratiques en R  avec des exemples provenant de systèmes écologiques et de régulation de gènes.

Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement

L'objectif du cours est de comprendre les principes de base de la modélisation dynamique, jusqu'a pouvoir modéliser et simuler soi-même des modèles simples.

Savoirs et compétences prérequis

Savoir programmer en R devrait déjà avoir été acquis pour ce cours (par exemple avec le cours de STAT0077 ou OCEA0224)

Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement

Une bonne partie du cours consistera à implémenter des exemples simples pour se familiariser avec l'implémentation de modèles.

Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)

Cours donné exclusivement en présentiel


Explications complémentaires:

Presential classes, exercises on computers during the classes as well as as homeworks. 

All the lecture materials (including podcasts) are made available via eCampus. 

Supports de cours, lectures obligatoires ou recommandées

A Practical guide to Ecological Modelling, Using R as a simulation Platform. Soetaert and Herman, 2009.
Ecological Dynamics, Gurney and Nisbet, 1998.

Modalités d'évaluation et critères

Examen(s) en session

Toutes sessions confondues

- En présentiel

évaluation écrite ( questions ouvertes )

Travail à rendre - rapport


Explications complémentaires:

Part Marilaure Grégoire: A written, in-person, examination will be organized in January.  This exam will not require the use of a computer. It will involve questions on the theory, practicals and homework.  

A homework  is due for January 7th at midnight. Description of the homework will be given during the lecture and will be made available via eCampus. Students will have to develop, implement and analyze a simple biogeochemical model to solve an environmental problem.  This homework has to be realized by group of 3-4 students. A written report of ~10 pages describing the results and answering a list of questions has to be provided as well as the Rmd file describing the model code. Questions on the homework will be part of the written exam.

For those who failed in January, a  second session exam will be planned in August/September. This second session exam will be similar to that organized in January. 

All the exams are exclusevely in person.

Part Patrick Meyer: a homework. 

Stage(s)

Remarques organisationnelles et modifications principales apportées au cours

Contacts

Prof. Marilaure Grégoire,

MAST, ULg
e-mail : mgregoire@uliege.be 
tel : 04366 3354

******************

Prof. Patrick Meyer,

BioSys Lab
e-mail: Patrick.Meyer@uliege.be
tel : 04366 3030

Association d'un ou plusieurs MOOCs

Aucun MOOC n'est associé à ce cours.