Durée
10h Th, 30h TD
Nombre de crédits
| Master en bioinformatique et modélisation, à finalité approfondie | 4 crédits |
Enseignant
Coordinateur(s)
Langue(s) de l'unité d'enseignement
Langue anglaise
Organisation et évaluation
Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier
Horaire
Unités d'enseignement prérequises et corequises
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement
Les technologies de séquençage à haut débit ont révolutionné la Biologie. L'analyse des données qu'elles génèrent nécessite la mise en œuvre d'outils bioinformatiques et l'utilisation d'ordinateurs très performants.
Ce cours propose une approche pratique pour illustrer les concepts et outils d'analyse de données génomiques. Il est composé de différents modules :
- Module 1. Assemblage d'un génome
- Module 2. Introduction à l'utilisation d'ordinateurs de haute performance (HPC)
- Module 3. Introduction à la rédaction de rapports en Markdown
- Module 4. Analyse de données RNA-Seq
- Module 5. Analyse des variations de séquences génomiques
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement
Au terme du cours, les étudiants auront acquis des connaissances pratiques de base pour l'analyse de données de séquençage à haut débit. Le cours implique une utilisation intense de la ligne de commande, l'interaction avec un cluster de calcul et la mise en œuvre de pipelines d'analyse populaires.
Savoirs et compétences prérequis
Les notions du Module 'Boîte à Outils : Techniques d'analyse des acides nucléiques (BIOC0726-1)' acquises à l'issue du bloc 1 du Master BBMC ou BIM sont requises pour aborder le cours. De même, les aptitudes pratiques relevant des cours INFO0960-1 (Command-line interfaces and tools for biologists) et INFO0962-1 (Scripting interfaces for biological software) sont également requises.
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement
Chaque module fait l'objet d'une brève introduction théorique, avant la mise en pratique des objectifs sur ordinateur dans une salle informatique.
Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)
Combinaison d'activités d'apprentissage en présentiel et en distanciel
Explications complémentaires:
Les modules 1 à 3 sont organisés en présentiel. Pour les modules 4 et 5, les étudiants travaillent de manière indépendante et une réunion d'1 h par semaine est prévue avec les enseignants pour discuter de l'avancée des travaux et des problèmes rencontrés.
Supports de cours, lectures obligatoires ou recommandées
Les notes de cours, les présentations PowerPoint et les jeux de données à analyser sont mis à disposition des étudiants via myULiège.
Modalités d'évaluation et critères
Travail à rendre - rapport
Explications complémentaires:
Les analyses menées dans les modules 4 et 5 font l'objet d'un rapport écrit résumant les objectifs, les analyses mises en œuvre et les résultats, en utilisant les technologies Markdown.
Les enseignants prendront uniquement en compte les rapports pour lesquels des preuves matérielles de réalisation des analyses sont disponibles et/ou si l'étudiant(e) a assisté à plus de 50% des séances d'accompagnement du travail individuel.
Les rapports devront être déposés pour fin février au plus tard. A défaut, l'évaluation sera reportée à la deuxième session sous la forme d'un exercice à réaliser lors d'un examen.
Stage(s)
Remarques organisationnelles et modifications principales apportées au cours
Le cours est donné en anglais. Le matériel est rédigé en anglais.
ATTENTION : Chaque étudiant de M-BIM doit se munir d'un ordinateur portable sur lequel il doit être possible d'installer un système Linux (type Ubuntu 18.04). Les machines virtuelles dans VirtualBox ne sont pas une solution fiable. Par contre, un dual-boot avec Windows est possible. Les doctorants peuvent pour leur part recourir à VirtualBox.
Contacts
Prof. Denis Baurain
Institut de Botanique B22 (P70)
denis.baurain@uliege.be
Prof. Marc Hanikenne
Institut de Botanique B22 (P70)
marc.hanikenne@uliege.be