Durée
15h Th, 15h Pr
Nombre de crédits
| Master en bioinformatique et modélisation, à finalité | 3 crédits | |||
| Master en océanographie, à finalité | 3 crédits |
Enseignant
Coordinateur(s)
Langue(s) de l'unité d'enseignement
Langue française
Organisation et évaluation
Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier
Horaire
Unités d'enseignement prérequises et corequises
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement
Le cours consistera en une découverte de l'utilisation d'outils informatiques et statistiques adaptés pour l'analyse de sets de données biologiques.
Diverses notions seront revues par le biais d'exercices, depuis des notions générales (vecteurs et matrices, p-valeurs) jusqu'à la mise en œuvre de solutions complètes d'analyse exigées par des problèmes particuliers.
Concrètement, le cours sera axé sur l'usage du langage R et ses divers paquets logiciels.
Des outils statistiques de base (e.g. PCA, regroupement) seront appliquées à des données océanographiques de distribution d'espèces et environnementales.
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement
L'objectif du cours est de familiariser l'étudiant à l'utilisation de R et des outils d'analyse statistique de données disponibles appliqués à l'analyse de données océanographiques.
Savoirs et compétences prérequis
Students are encouraged to review the basics they may have already acquired in the following areas: statistics and programming.
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement
Mini-exposés théoriques, démonstrations et exercices pas à pas, travaux pratiques sur ordinateur avec défis à résoudre et exercices autonome.
Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)
Combinaison d'activités d'apprentissage en présentiel et en distanciel
Explications complémentaires:
Des videos théoriques et pratiques sont disponibles en français et en anglais pour la partie de Patrick Meyer, à l'adresse: www.bioinfo.uliege.be/classes/OCEA0224/
Le mot de passe pour accéder au contenu du cours est disponible via le forum ecampus du cours.
For the part given by Marilaure Grégoire, the lectures are in presence.
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours
Part Marilaure Grégoire, the slides and the exercises are made available via eCampus. The book " Numerical Ecology with R" by Daniel Borcard, François Gillet, Pierre Legendre is recommended (the whole book will not be seen, 5 first chapters).
Modalités d'évaluation et critères
Examen(s) en session
Toutes sessions confondues
- En présentiel
évaluation écrite ( QCM, questions ouvertes )
Travail à rendre - rapport
Explications complémentaires:
L'examen consistera en un examen écrit (partie exercices en R) et un travail à rendre (partie analyse des données océanographiques). En cas d'échec pour le travail d'analyse des données océanographiques, une version révisée devra être soumise en deuxième session.
Pour la partie introductive (Prof. Meyer), des interrogations ecampus peuvent prendre place pendant les cours (les détails (date, heure, processus, cotations...) pour ces interrogations sont communiqués sur la page web du cours).
Stage(s)
Remarques organisationnelles et modifications principales apportées au cours
L'emploi d'un ordinateur portable est nécessaire à toutes les séances pour le suivi de démonstrations et la réalisation d'exercices de programmation personnels. Le logiciel gratuit RStudio est accessible sur nos serveurs via n'importe quel navigateur web.
Contacts
Prof. Patrick Meyer : Patrick.Meyer@uliege.be
Prof. Marilaure Grégoire: mgregoire@uliege.be