Durée
15h Th, 15h Pr
Nombre de crédits
| Master en océanographie, à finalité | 3 crédits |
Enseignant
Langue(s) de l'unité d'enseignement
Langue anglaise
Organisation et évaluation
Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier
Horaire
Unités d'enseignement prérequises et corequises
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement
Depuis une vingtaine d'années, il est apparu que l'étude de la diversité des microorganismes marins ne peut se faire sans une approche moléculaire, étant donné que seule une fraction d'entre eux peut être isolée en culture. De plus, pour les microorganismes observables en microscopie, la diversité génétique est plus grande que celle déterminée sur base des caractères phénotypiques (morphologie...). La détermination de la diversité au niveau génétique permet aussi de comprendre des caractéristiques écologiques (distribution géographique, endémisme, etc.). Récemment, l'apport de la génomique a permis de mieux comprendre les processus évolutifs, et le fonctionnement métabolique des microorganismes marins.
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement
Donner aux étudiants les connaissances leur permettant, d'une part de comprendre et lire de manière critique la littérature concernant la diversité des microorganismes marins, et d'autre part, d'utiliser les techniques moléculaires pour résoudre les problèmes de diversité et d'écologie moléculaire sur lesquels ils travaillent (mémoire, doctorat, etc).
Savoirs et compétences prérequis
Avoir une base de connaissances concernant le matériel génétique, ADN, ARN, protéines. Si ce prérequis est absent, un cours peut être consacré à une mise à niveau.
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement
Travail pratique au laboratoire sur un petit problème de diversité de microorganismes marins (souvent cyanobactéries) ou présentation d'un article
Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)
Cours donné exclusivement en présentiel
Explications complémentaires:
Explications complémentaires:
Enseignement présentiel, au 1er quadrisemestre
1) Définitions et pourquoi ?
2) La systématique, la notion d'espèce bactérienne et les marqueurs moléculaires de diversité
3) Comment est générée la diversité génétique à la base de l'évolution?
4) Les analyses phylogénétiques et la contruction d'arbres phylogénétiques
5) L'écologie microbienne moléculaire
6) Travaux pratiques avec extraction d'ADN génomique de souches, PCR, électrophorèse, séquençage, analyse des séquences obtenues durant les TP
7) Approches génomiques (cours Dr Luc Cornet)
- Rappel des notions de base sur la diversité génomique et l'apport des génomes pour la taxonomie et l'évolution (avec exemple des cyanobactéries)
- La phylogénomique
- Comment étudier le métabolisme avec la bioinformatique?
- Reproductibilité en bioinformatique
- Un exemple concret
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours
Il s'agit d'une copie des transparents montrés
Modalités d'évaluation et critères
Examen(s) en session
Toutes sessions confondues
- En présentiel
évaluation orale
Explications complémentaires:
3 Questions tirées au sort, préparation des réponses pendant 20 mins et présentation orale
Stage(s)
Remarques organisationnelles et modifications principales apportées au cours
Contacts
A. Wilmotte, CIP, Chimie B6,
Tél. : 04/366.38.56,
e-mail : awilmotte@ulg.ac.be