Durée
15h Th, 5h AUTR
Nombre de crédits
| Master en sciences biomédicales, à finalité | 2 crédits |
Enseignant
Langue(s) de l'unité d'enseignement
Langue anglaise
Organisation et évaluation
Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier
Horaire
Unités d'enseignement prérequises et corequises
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement
Le cours intitulé "Advances in GIT Biology" explorera différentes facettes du système digestif.
Nous aborderons d'abord les différentes facettes de l'immunité intestinale, notamment la barrière muqueuse, la surface absorbante, les réactions immunitaires aux antigènes étrangers, le maintien de la tolérance aux antigènes bénins et la mise au point d'une réponse appropriée aux agressions pathogènes.
L'intervention du système immunitaire dans le développement postnatal de l'intestin grêle (et d'autres organes digestifs) sera ensuite brièvement abordé.
Le microbiote intestinal joue un rôle fondamental notamment dans le développement et le bon fonctionnement du système immunitaire dès la naissance. La colonisation intestinale du nouveau-né par la mère lors de l'accouchement et lors de l'allaitement est primordiale pour l'établissement d'un microbiote intestinal favorable. Mais la composition du microbiote intestinal peut être influencée par de nombreux autres facteurs tels que les antibiotiques, le stress, l'alimentation, l'environnement, les agents infectieux. L'installation d'une population microbienne équilibrée (composition, quantité, métabolites produits, interaction avec l'épithélium intestinal et le système immunitaire associé à l'intestin) au début ou au cours de la vie d'un individu est essentielle. L'utilisation de synbiotiques, association de probiotique et de prébiotique (nutriments spécifiques des populations microbiennes) comme suppléments régulateurs microbiens spécialisés peuvent présenter un intérêt pour la santé du microbiote intestinal.
La recherche sur le microbiote humain et singulièrement sur le microbiote intestinal a pris son essor avec les nouvelles technologies de biologie moléculaire et de bioinformatique. A l'instar de la microbiologie, l'analyse du microbiote repose sur des techniques indirectes se concentrant sur trois questions essentielles : quelles sont les populations microbiennes présentes, quels sont leurs potentiels métaboliques et quels sont les produits de leur métabolisme. Le cours illustre les techniques usuelles et modernes permettant d'aborder ces trois questions.
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement
A l'issue du cours, vous serez à même de :
- Comprendre les bases fondamentales de l'immunologie des intestins
- Expliquer la tolérance aux aliments et aux bactéries commensales
- Comprendre les différents critères permettant de juger de la qualité d'un probiotique ou d'un prébiotique.
- Critiquer les différentes études publiées dans le domaine des pro- et prébiotiques.
- Critiquer les modèles in vitro utilisés pour évaluer l'effet d'un probiotique ou d'un prébiotique.
- Comprendre certains aspects techniques et qualitatifs des méthodes d'analyse du microbiote
- Comprendre les avantages et les limites de chaque méthode afin de pouvoir choisir et utiliser la meilleure méthode d'analyse du microbiote en fonction de la question scientifique posée.
- Lire et critiquer de manière pertinente une publication scientifique dans le domaine de la biologie du système digestif.
Savoirs et compétences prérequis
Connaissance des bases fondamentales en Biologie, Immunologie, structure et fonction du système digestif
Connaissances de base de génétique, microbiologie et parasitologie.
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement
Cours magistraux
Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)
Cours donné exclusivement en présentiel
Explications complémentaires:
Présentiel
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours
Veldhoen & Brucklacher-Waldert. Dietary influences on intestinal immunity, Nature Reviews, 12, 696-708. doi:10.1038/nri3299
Round & Mazmanian. The gut microbiota shapes intestinal immune responses during health and disease. Nature Reviews, 9, 313-323. doi:10.1038/nri2515
Mowat. To respond or not to respond - a personnal perspective of intestinal tolerance. Nature Reviews. https://doi.org/10.1038/s41577-018-0002-x
Zhou, J. et al. High-Throughput Metagenomic Technologies for Complex Microbial Community Analysis: Open and Closed Formats. mBio 6, e02288-14 (2015)
Lau, J. T. et al. Capturing the diversity of the human gut microbiota through culture-enriched molecular profiling. Genome Medicine 8, 1635 (2016).
Wooley, J. C., Godzik, A. & Friedberg, I. A primer on metagenomics. PLoS Comput Biol 6, e1000667 (2010).
Fondi, M. & Pietro Liò. Multi -omics and metabolic modelling pipelines: Challenges and tools for systems microbiology. Microbiological Research 171, 52-64 (2015).
Modalités d'évaluation et critères
Examen(s) en session
Toutes sessions confondues
- En présentiel
évaluation écrite ( QCM, questions ouvertes )
Explications complémentaires:
Toutes sessions confondues :
- En présentiel ou distanciel
évaluation écrite ( QCM, questions ouvertes )
- Si évaluation en "hybride"
préférence en distanciel
Explications complémentaires:
Examen écrit + travail de groupe
La note de l'examen est pondérée comme suit:
80% sur l'epreuve écrite le jour de l'examen
20% sur l'epreuve de travail de groupe
La note globale de ce cours est indivisible. Le travail de groupe compte pour une partie mais ne sera jamais dispensé en cas d'échec du cours en fin d'année.
Stage(s)
Remarques organisationnelles et modifications principales apportées au cours
Contacts
srahmouni@uliege.be - +32 4 3662830
veronique.delcenserie@uliege.be +32 4 3665124
bernard.taminiau@uliege.be - +32 4 3664226