Microbiologie générale

Partie théorique

- Ce cours introduit l'étudiant à l'univers invisible des microbes et à leurs rôles essentiels dans notre vie quotidienne: la plupart des microbes sont bénéfiques et protègent notre biosphère, une minorité est responsable de maladies.  Les microorganismes sont ubiquitaires et vivent dans des écosystèmes très variés et complexes. Leurs rôles dans les différents écosystèmes et celui de l'homme qui en agissant sur l'environnement influence l'évolution des microorganismes responsables de maladies émergeantes, sont mis en évidence.  
- La microbiologie est un domaine très complexe et évolutif.  La connaissance des caractéristiques spécifiques des microorganismes aide à la compréhension du développement de maladies infectieuses et des moyens disponibles pour les contrôler.
- Les microbes sont divisés en 4 grands groupes: les virus, les bactéries, les champignons et les parasites.   Les bactéries représentent la forme de vie la plus ancienne, à l'origine de l'évolution des formes de vie que nous connaissons.
- La découverte des microorganismes et la caractérisation de leurs structures ont été conditionnées par le développement de la microscopie.  Les principes fondamentaux de la vie microbienne, les caractéristiques des microorganismes, ainsi que leurs interactions avec l'environnement et les autres organismes vivants, en particulier avec l'homme, sont développés.  L'impact des microorganismes sur les différents cycles bio-géochimiques de notre planète est essentiel à toute survie. Dans leur environnement les microorganismes interagissent entre eux modulant positivement ou négativement leur développement.  La plasticité de leur génome leur permet des échanges horizontaux entre espèces, caractéristique à l'origine de l'évolution mais aussi de l'émergence de variants plus virulents ou plus résistants.  Les bactéries possèdent des structures cellulaires uniques qui peuvent devenir la cible d'agents antimicrobiens ou des facteurs d'identification et de stimulation d'une réponse immunitaire. 
- Les interactions entre les microbes et l'homme sont complexes: d'une simple colonisation transitoire à l'établissement d'une relation symbiotique à long terme, avec parfois la déclaration d'une maladie.  L'issue de ces relations dépend de la virulence des microorganismes, du site exposé et de la capacité de l'homme à se défendre contre les microorganismes. Le rôle des microorganismes opportunistes est évoqué. Une variété d'agents antimicrobiens peut inhiber le développement des microorganismes ou les éliminer, mais avec l'utilisation d'agents antimicrobiens, l'homme induit aussi une pression sélective favorable aux bactéries qui ont développé des mécanismes de résistance. 
- Les différentes approches du contrôle et prévention des maladies infectieuses sont décrites: l'amélioration de l'hygiène, l'accessibilité à l'eau potable, l'utilisation d'agents antimicrobiens, l'immunoprophylaxie, la stérilisation, l'usage d'agents antiseptiques et désinfectants.
- Dans une seconde partie du cours, les caractéristiques et propriétés des levures et champignons sont exposés, ainsi que celles des protozoaires et des helminthes.  Les différents types de cycles parasitaires sont décrits et des illustrations y sont associées.
- Les travaux pratiques introduisent les notions de biosécurité, les règles incontournables de l'hygiène comme le lavage des mains et les techniques de base utilisées en microbiologie.

Table des matières
- Introduction 
- Historique
- Le monde microbien 
- Les bactéries, cellules procaryotes
- Les champignons
- Les parasites eucaryotes                                                                                                 
- Les aspects bénéfiques des microbes
- Concepts de maladie infectieuse et cycle 
- Contrôle des maladies infectieuses

Travaux pratiques pour les sciences biomédicales

Chers étudiants,
ne vous êtes-vous jamais demandé à quoi pouvait  ressembler  le laboratoire de Microbiologie? De quelles façons les échantillons étaient traités pour obtenir une identification et un antibiogramme sur les agents pathogènes recherchés ? Quels étaient les différents secteurs d'activité représentés dans le laboratoire? Afin de rendre plus concrètes vos connaissances en microbiologie,  les travaux pratiques introduisent les notions de biosécurité, les règles incontournables de l'hygiène comme le lavage des mains et les techniques de base utilisées en microbiologie pour le diagnostic des maladies infectieuses.
  

Partie théorique

Au terme de ce cours et des travaux pratiques, les étudiants seront capables:

• d'identifier les principaux enjeux des microorganismes sur notre planète (environnement, pathologie infectieuse par ex.)
• de décrire l'importance mondiale de la mortalité et de l'évolution des maladies infectieuses
• de présenter quelques étapes clés dans l'histoire de la microbiologie
• de décrire les différents types de microorganismes et leurs caractéristiques
• de résumer les caractéristiques de croissance des bactéries et de l'importance des biofilms
• de décrire le matériel génétique des bactéries, les grands principes de modification de celui-ci et de nouvelles acquisitions
• de décrire les principaux aspects bénéfiques des microbes
• de comprendre et d'expliquer les relations hôte-microorganismes pouvant conduire à la maladie
• de lister et de décrire brièvement les principaux facteurs de pathogénicité
• d'expliquer les différents modes de transmission des agents infectieux
• de comprendre et de résumer des moyens de défenses et de prévention disponibles contre l'agression par des microorganismes. Sécurité de la chaine alimentaire / eau potable / vaccination / stérilisation-désinfection / antibiotiques
• de restituer et de décrire brièvement les modes d'action des antibiotiques et mécanismes de résistance
• de décrire des méthodes et moyens de détection et d'identification des microorganismes utilisées dans les laboratoires.
• dans la poursuite de son cursus d'intégrer des notions abordées plus spécifiques concernant les maladies infectieuses, leur diagnostic, leur pathogenèse, leurs contrôle et prévention

Travaux pratiques pour les sciences biomédicales

Au terme des travaux pratiques les étudiants seront capables :

• d'appliquer les notions de base acquises en biosécurité
• d'avoir une hygiène des mains efficaces
• d'ensemencer un prélèvement sur des milieux gélosés, et de connaitre les caractéristiques de ces milieux de culture
• d'observer et de commenter la morphologie des colonies bactériennes et des bactéries après examen microscopique de Gram
• de décrire des méthodes et moyens de détection et d'identification des microorganismes utilisés dans les laboratoires (bactéries, levures et champignons filamenteux)

Partie théorique

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme.
 

Travaux pratiques pour les sciences biomédicales

Les notions théoriques vues au cours de Microbiologie générale.

Partie théorique

Ce cours repose principalement sur des cours magistraux.  Il est structuré en plusieurs chapitres ordonnés pour assurer une compréhension progressive et logique des contenus.
Les étudiants sont invités à poser leurs questions après les séances de cours ou par email en mentionnant leur section.
Pour illustrer et développer certaines matières enseignées, des travaux pratiques sont organisés. La présence au laboratoire est OBLIGATOIRE. 
Cet enseignement et travaux pratiques s'adressant à de futurs professionnels de la santé, les exercices et démonstrations se rapportent  à la microbiologie clinique et introduisent ainsi la notion des missions d'un laboratoire de microbiologie dans le diagnostic et le contrôle des agents infectieux. 
Lors des séances de travaux pratiques, les activités réalisées familiarisent aussi l'étudiant avec les considérations de base de la biosécurité, avec les règles incontournables de l'hygiène comme le lavage des mains et, avec les techniques de base utilisées en microbiologie. 
 

Travaux pratiques pour les sciences biomédicales

En présentiel

Les travaux pratiques de Microbiologie générale sont composés de 2 séances de 2 heures en présentiel, précédées d'un apprentissage en ligne aboutissant à l'octroi d'un laisser-passer aux séances en présentiel. Sur e-Campus, le cours préparatoire aux séances de TP, sous forme d'e-learning, doit être suivi par l'étudiant préalablement aux séances pratiques. Celui-ci est composé de 5 modules comprenant des présentations iSpring, reprenant la matière théorique à maitriser pour les séances de TP, complétées par des vidéos de démonstration.

• Module 1 : Consignes de sécurité pour le travail en laboratoire L2
• Module 2 : Les bactéries
• Module 3 : L'identification des bactéries
• Module 4 : Les levures et les champignons filamenteux
• Modules 5 : Hygiène des mains et de la toux

Partie théorique

Cours donné exclusivement en présentiel


Explications complémentaires:

Cours ex-cathedra présentiel ou retransmis, ou en podcast commenté ou tout autre moyen video et travaux pratiques


Les travaux pratiques sont organisés par groupes d'étudiants et sont encadrés par Rosalie Sacheli, PhD, manager des centres de référence au laboratoire. 

Les diaporama des cours théoriques et le manuel des travaux pratiques sont en ligne et accessibles via eCampus.

 
Travaux pratiques

Sont obligatoires. Ils sont composés de deux séances EN PRESENTIEL précédés de modules d'apprentissage.

• Microbiologie générale

Travaux pratiques pour les sciences biomédicales

Cours donné exclusivement en présentiel


Explications complémentaires:

• Avant d'accéder aux séances de travaux pratiques en présentiel, l'étudiant doit avoir obtenu un Pass d'accès aux TP à l'issue d'un cours préparatoire qu'il aura suivi en e-learning sur e-Campus.
• Les travaux pratiques sont organisés par groupes d'étudiants et sont encadrés par les élèves-moniteurs, eux-mêmes supervisés par Rosalie Sacheli, scientifique en  microbiologie clinique.
• Pour le respect de règles de biosécurité, le port d'une blouse de laboratoire est exigé; pour la manipulation de matériel biologique des gants à jeter seront mis à disposition.
• La présence aux travaux pratiques est OBLIGATOIRE. Toute absence devra être justifiée par un certificat médical en bonne et due forme, transmis à Madame Rosalie Sacheli  (R.sacheli@chuliege.be)
  
   

Partie théorique

Les diaporama des cours théoriques ainsi que les notes de travaux pratiques, publiés en ligne et accessibles aux étudiants des sections et année concernées par le cours sont obligatoires.

L'accès à l'eLearning, 5 modules, à suivre obligatoirement avant de pouvoir accéder aux travaux pratiques, se fait via eCampus.

Les livres suivants sont des références qui peuvent aider les étudiants : apport d'une meilleure compréhension, développement d'un sujet d'intéret:

• MEDICAL MICROBIOLOGY, Mims C. et al, 6th Ed.,2018, Elsevier
• INTRODUCION A LA MICROBIOLOGIE, Tortora G.J. et al, 2nd Ed., 2012, ERPI, Editions du Renouveau Pédagogique Inc.
• BROCK BIOLOGY OF MICROORGANISMS, MT Madigan et al, 14th Ed, 2014,Pearson
• THE MICROBIAL CHALLENGE, Krasner R., 2002, Ed. ASM PRESS
• MICROBIOLOGIE, Prescott, Willey JM et al, Traduction de la 5ème Ed,2018, Ed.De Boeck Université

Travaux pratiques pour les sciences biomédicales

• L' e-learning, 5 modules, sur eCampus.
• Le manuel de travaux pratiques, publié en ligne et accessible aux étudiants des sections et année concernées par le cours doit être lu obligatoirement avant les sénces de TP et chaque étudiant doit avoir ses notes de TP lors des séances.

Partie théorique

Toutes sessions confondues :

- En présentiel

évaluation écrite ( QCM )

- En distanciel

évaluation écrite ( QCM )

- Si évaluation en "hybride"

préférence en présentiel


Explications complémentaires:

- Examen écrit en session de janvier et de septembre comportant des questions à choix multiples (QCM).
- Une évaluation des travaux pratiques se fait à la fin de la dernière séance de travaux pratiques de chaque groupe.  Il s'agit de questions à choix multiples (QCM).  La cote intervient pour 10% de l'évaluation uniquement pour la session de janvier.

Travaux pratiques pour les sciences biomédicales

Examen(s) en session

Toutes sessions confondues

- En distanciel

évaluation écrite ( QCM )


Explications complémentaires:

• Le prérequis pour accéder aux séances de travaux pratiques en présentiel est d'avoir obtenu une cote de minimum 66% à chacun des 5 quizz des modules d'apprentissage en e-learning.
• Une interrogation sous forme de QCM est organisée à la fin du TP 2 (date à déterminer), avec des questions similaires à celles rencontrées lors des quizz effectués par les étudiants sur e-Campus.  Cette interrogation portera sur la matière se trouvant dans manuel de travaux pratiques et sur les exercices pratiques effectués lors des 2 séances de TP. Une cote (sur 20) sera attribuée à chaque étudiant et comptera pour 10% de la côte finale du cours de Microbiologie générale.
• La cote de cette interrogation intervient uniquement dans la cote de première session.
  
   

Partie théorique

Voir code composant Travaux pratiques du cours MICR0120

Travaux pratiques pour les sciences biomédicales

Possibilités de postes d'élève-moniteur pour des étudiants motivés de master.
Leur charge est l'encadrement des étudiants aux travaux pratiques de microbiologie générale et de microbiologie médicale (horaire à définir).
Conditions :

• avoir fait de bons examens en microbiologie générale et médicale (théorie et pratique);
• avoir de bons résultats globaux (grades);
• lettre de motivation demandée.

Partie théorique

 Rien de particulier pour le cours théorique.

Travaux pratiques pour les sciences biomédicales

• La coordination est assurée pae Madame Rosalie SACHELI du service de microbiologie clinique du CHU de Liège.
• La participation aux travaux pratiques est OBLIGATOIRE.
• L'accès aux travaux pratiques est interdit aux étudiants ne portant pas de blouse de laboratoire.
• Les changements de groupes ne seront autorisés que de manière exceptionnelle dans la mesure des possibilités et doivent faire l objet d'une demande spécifique à la responsable des TP.

Partie théorique

Service de Microbiologie clinique
CHU de Liège,
B-23 Sart Tilman,
4000 LIEGE
Belgique

Secrétariat
Pour tout contact ou rendez-vous, s'adresser à la secrétaire Madame Stéphanie Wauquier:

• Tél.: 00.32.4.323.22.90
• Fax: 00.32.4.366.24.40
• email: stephanie.wauquier@chuliege.be

Travaux pratiques pour les sciences biomédicales

Responsable des travaux pratiques

Rosalie Sacheli

R.sacheli@chuliege.be



Responsables académiques des cours associés 



Marie-Pierre Hayette

Secrétariat

Pour tout contact ou rendez-vous, s'adresser à la secrétaire Madame Stéphanie Wauquier

Tél.: 00.32.4.323.22.90

Fax: 00.32.4.323.24.40

Email: micromed@ulg.ac.be