Durée
10h Th, 10h Pr
Nombre de crédits
| Master en sciences biomédicales, à finalité | 2 crédits |
Enseignant
Langue(s) de l'unité d'enseignement
Langue française
Organisation et évaluation
Enseignement au deuxième quadrimestre
Horaire
Unités d'enseignement prérequises et corequises
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement
Ce cours décrit les avancées de la bioinformatique au XXIème siècle. Les bases de données génomiques et protéomiques seront décrites. La recherche de séquences dans les bases de données sera expliquée. Certains algorithmes de détection d'exons seront exposés. Les notions de distances, de similitudes et d'homologie seront introduites. Les méthodes de dot-plots, d'alignement (par paires ou multiple) de séquences, de détection de séquences consensus et de "design" d'oligonucléotides destinés à la PCR seront introduites. Un chapitre sera consacré à la phylogénétique.
Contenu :
- Introduction et scénario
- Outils informatiques
- Constituants cellulaires et bioinformatique
- Dot-plots
- Homologie, distance et similarité
- Alignements par paires
- Matrices de substitutions
- Alignements multiples
- FASTA
- BLAST
- Phylogénie moléculaire
- Génomique et détection de séquences codantes
- Prédiction de structures
- Bases de données
- Genbank
- Travaux Pratiques
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement
L'étudiant devrait être capable d'utiliser les logiciels de base de la bioinformatique disponible sur le WWW et de comprendre les mécanismes sur lesquels ils sont basés. Cet apprentissage lui permettra de cerner les limites de chaque procédure.
Savoirs et compétences prérequis
Connaissance basique du Web.
Cours de statistique et de probabilité
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement
Séance d'introduction pratique à l'utilisation des ressources Bioinformatiques du Web: Genbank, Swissprot, PDB, BLAST, primer3, ...
Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)
Le cours sera donné lors de la 1ère Maîtrise à raison de 2 heures par semaine pendant 5 semaines.
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours
Les notes de cours seront déposées sur MyULg. Les fichiers powerpoint seront déposés sur My ULg.
Modalités d'évaluation et critères
Examen(s) en session
Toutes sessions confondues
- En présentiel
évaluation orale
Explications complémentaires:
Examen oral
Stage(s)
Remarques organisationnelles et modifications principales apportées au cours
Livre de références :
1) Fundamental concepts of bioinformatics, Dan E. Krane & Michael L. Raymer, Benjamin Cummings Editor (2003)
2) Introduction to Bioinformatics, Arthur M. Lesk, Oxford University Press (2002)
Contacts
Olivier Peulen Laboratoire de Recherche sur les Métastases CHU - Tour de Pathologie B23 Tél: 04/366.37.92 E-mail: Olivier.Peulen@uliege.be